moonwalker72: (Ichirohiko)
Ища другое (про ускорение на FPGA) нашел на Хабре совсем недавнюю (конец ноября) работу об ускоренном моделировании динамики сборки микротрубочек. Правда там по существу рассматривается обратный процесс - деполимеризация, т.е. организация рассыпания микротрубочки на тубулины по мере энергопитательного расхода фосфора в присоедниненных молекулах ГТФ. Сама модель - не квантовомеханическая, основана на чистой термодинамике и использует подход "силовых полей", то есть граничными условиями (в том числе) являются градиенты связи тубулинов с соседями. Это любопытно, потому что шаг времени в модели - 0.2нс, характерное расстояние - 2 нм, на котором взаимодействие Ферстера продолжает иметь место.

Боюсь, что модель сама по себе - является все же больше феноменологической, чем количественной. Она рассматривает только собственные потенциалы тубулинов и, уж верно, не объясняет самосборку трубочки из тубулинов под действием микроволн и едва ли сможет объяснить эффективную перестройку всего цитоскелета за микросекунду, при этом разумеется микротрубочки не рассыпались - это происходило с отдельными, скрепляющими участками (точнее даже микрофиламентами), но это происходило согласованно и "мгновенно", что без квантов объяснить не выйдет. Но сама работа по любому - очень интересная.

Я тут ищу, рою статьи по теме связи цитоскелета с ионными проводимостями в нейроне. Я тут перешел к Capstone в Project System Biology Course. И мне хоцца ответить именно _на этот_ вопрос, потому что там вопрос можно выбрать по желанию.
moonwalker72: (Ichirohiko)
Сдал/получил сертификат "Network Models in System Biology". С минимальным рейтингом - 81%. Можно было набрать еще 10%, но я чувствую себя совершенно вымотанным. Меня все вокруг отвлекали. Вот буквально все. Зачем мне люди?
moonwalker72: (Ichirohiko)
Сдал экзамен/получил сертификат по "Experimental Methods in System Biology". Впереди еще 4 курса.
Сдал экзамен/получил сертификат по "Bioinformatic Methods I". Впереди еще 1 курс.

Иногда это кажется утомительным. Иногда - зверски интересным. Я слишком сильно завишу от настроения...

Пишут про не столь уже далекую возможность mind uploading, когда вместо людей и/или ИИ будут Em'ы - собственно технологический прогресс будет в их руках. Что останется на долю простых смертных? Культура, отчасти наверное науки о жизни. Что будет с философией и религий - сказать трудно. Наверное, чем более в них привязки к явно определенным понятиям сущего, касающихся в первую очередь чего-то искусственного, тем хуже для них. Существование Em'ов поставит крест на отождествлении живого разума и прогресса. Тождественность заменится отношением включения.

Что мне не нравится в статейке, так это ее монетарная ориентация, а еще больше - употребление понятия emulation. Я его (пока) отвергаю, я не верю в эмуляцию. Корректное слово (мне кажется) substitution/replacement - замена/подстановка. Заменить субстрат с нейротканей на что-то искусственное это не эмулировать, т.к. эмуляция предполагает нижележащие активности, которые полностью управляемы и контролируемы. А я не уверен, что с настоящей заменой субстрата это будет так. Цель - добиться эквивалентной физики субстрата, над которой воздвигается иерархия сигналов, которые принимаются, порождаются, а также служат для распознавания и тех и других( память, сны ).
moonwalker72: (Ichirohiko)
Я о нем как-то упоминал, ссылаясь на статью Хамероффа о туннельном токе межде субъединицами α и β тубулина в микротрубочке, который ответственен за появление ферромагнитного/антиферромагнитного состояния тубулина, которое в свою очередь позволяет рассматривать микротрубочку в виде решеточной модели псевдоспинов. В той статье говорилось о 2 нм, как предельном расстоянии для туннелирования электрона с внешних оболочек между атомами. Там же говорилось, что наблюдения над трубочками расширяют это расстояние до 5 нм.

И вот сейчас слушая "Experimental Methods in System Biology" оказывается, что предельное расстояние Ферстера, на котором срабатывает безызлучательная передача энергии между флуресцентными белками (для целей флуоресцентной микроскопии): белок-донор поглощает синий свет и отдает энергию белку-акцептору, который излучает желтый - так это расстояние именно 5 нм. Т.е. на этой оценке построена уже собственно химия и инженерия коммерческой экспериментальной техники. А тогда 10 лет назад плевались на старичка Стюарта, да-с.
moonwalker72: (Ichirohiko)
В глубоком знанье жизни нет. Но к счастью мое знание пока еще довольно мелководно.

Сдал финальный экзамен по основам системной биологии. Ответил на 14 вопросов из 17 сходу. Можно было бы досдать, но как-то заломало, потому что на работе приходится не токмо программить, но решать проблемы клиентов и обучать индусов.

moonwalker72: (Se Joon)
Сдал промежуточный экзамен по системной биологии/биоинформатике. 100% решил, правда со второго захода.
moonwalker72: (Se Joon)
Очень приятно, что сигнальные пути в клетках там часто рассматриваются с примерами из нейроткани.

Собственно мозговая ткань (не оболочки!) нечувствительна к боли, т.к. цитоскелет нейронов устроен не "по нормальному" и сигнальные пути механической трансдукции в них отсутствуют. Разумеется, они есть (уж верно должны быть!) в глиальной ткани - хотя бы для авторегуляции мозговых желудочков. Но вот любопытно, "чувствуют" ли астроциты и проч. капиллярные пульсации? То есть понятно, что снижение притока крови во первых вызывает кислородное голодание, во вторых - голодание вообще, т.к. нет глюкозы итп. Интересно, сигналит ли глия об этом нейронам каким-то образом? Например в рукотворных системах высокой ответственности у микроконтроллера при аварийном отказе питания может быть например 1-2 миллисекунды (за счет конденсаторов) чтобы выполнить команды аварийного закрытия в протоколе и что-то такое.
moonwalker72: (Se Joon)



Учусь на coursera системной биологии - это чуть шире, чем биоинформатика, но в основном она. Перестраиваю мозги на новый поток терминов и понятий, многие знакомы ибо изучая молекулярные моторы в нейронах я много чего прочел, но пока легко в голову не ложится.
moonwalker72: (Se Joon)
Грег Иган "Shild's Ladder" (2002). Вот уж сай-фай, так сай-фай. Читая эту книгу, я осознал глубину жопы, в которую Россия упала после 1991 года. Это действительно интересная и оригинальная научная (без шуток) концепция, изложенная в художественной форме. Очень даже возможно, что она - чистая фантазия, игра ума, т.е. реальности не соответствует. Но тем не менее и задумка и исполнение -- на уровне. Это Питер Уоттс, только с точки зрения фундаментальной физики, а не биологии.

Итак время действия первой главы - 221 или 222 век - 20000 лет от нынешнего времени. Мир постлюдей, расселившихся по Млечному Пути. Там написано, что в второй половиен нашего века была построена теория квантовых графов - "набор правил Сарумпаета" - что-то вроде кос и категориальных диаграмм, их связывающих, которая и объясняла в течение 200 веков все частицы и силы. Но в первой главе проводят эксперимент, с целью локального порождения необычного квантового графа на планковском масштабе. Считается, что он должен свербыстро распасться. Но он не распадается. И вот пузырь ново-вакуума начинает расти. Сначала медленно, а потом скорость останавливается на 0.5с.

Действие второй и последующих глав происходит 650 лет спустя. Диаметр пузыря уже достиг 600 световых лет. Прочел уже 70%, но когда дочитаю - скажу свое мнение. Мне очень нравится. Оказывается книга была переведена и издана издательством М.И.Ф. тиражом 20 (двадцать) экземпляров. Теперь видимо раритет. :)
===============================================================================================
В процессе обучения Хаскелю наткнулся на мозговыносящее задание № 2: дистрибутивное развертывание композиций конструкторов сложения и умножения в рекурсивном типе - по образу примерно комплексных чисел, только здесь кроме операторного конструктора-сложения есть и операторный конструктор-умножение с более высоким приоритетом оператора. Пока в затруднении. У меня он развертывает, но ответ считается ошибочным. Видимо, потому что нет ассоциативности (скобки должны прижиматься к лево, к право или отсутствовать - судя по всему так), хотя вычислительно всё верно - есть термы умножения и термы сложения в виде операторных конструкторов - в этом смысле всё верно развернуто: если сложить и умножить (не вручную, а так же рекурсивно), то совпадет с неразвернутым выражением.
===============================================================================================
Интересно, каков срок хранения у ракет Стингер? Их (и клонов) много же понавыпускали с 80х-то.
moonwalker72: (Se Joon)




Я какой-то разбитый. Слушаю на Coursera курс квантовой оптики (для большей свободы в разбирательстве с нелинейными кольцевыми интерферометрами Слядникова). Неделю спал по 6 часов, сейчас отыгрывается на мне.

Неспешно читаю "Here and There" by Joshua V. Scher, это фантастика и психологический триллер, дочитал до середины - там парень читает рабочий дневник своей исчезнувшей матери - эксперта-психолога, работавшей на DARPA, которая расследовала катастрофический инцидент - взрыв в результате которого исчез профессор, успешно телепортировавший макрообъекты, включая живых крыс с помощью рождения массы из энергии (рождения кварковых струй и их агрегация в нуклоны, ядра, затем создание атомов итд итп). Конечно выдумка, ибо согласно E=mc2, чтобы хотя бы килограмм массы родить энергии нужно эээ...много.
moonwalker72: (Se Joon)
Сдал экзамен и получил свой первый сертификат от Coursera по курсу "Synapses, Neurons and Brains" by Prof. Idan Segev.
moonwalker72: (Se Joon)
Прослушал лекцию насчет базиса кабельной теории вычислений в дендритах, описывается линейным дифуром

d2V/dX2=dV/dT + V(X,T)

Согласно этой модели тело нейрона вообще вклада в функцию напряжения не вносит. Играют роль только близость или дальность дендритных контактных шипиков от тела нейрона (оно в модели играет роль нулевой точки).

Но пока ни слова о физических причинах этой (вполне классической модели). Возможно, в следующих двух лекциях раскроют. Пока я напомню, что внутри дендритов - те же микротрубочковые нити, проводимость которых скачкообразно меняется при подаче на вход высокочастотного тока с вполне определенными резонансными частотами из дискретного набора (открытие Бандьёпадхъяя). Т.е. и входящий spike и исходящий (соответственно ему) EPSP должны в своем составе эти спектральные компоненты иметь.
moonwalker72: (Se Joon)
Мем "мы, возможно, живем в Матрице" мне не нравится. Потому что в общем-то непростая философская (а ведь и научная тоже) концепция свертывается до идейки хоть и весьма оригинального и нештампованного, но все ж таки попсового фильма. В Матрице слой истинной реальности соответствует телу. То есть оно там есть во всех слоях. А что если в некоторых нет, или его вообще нет?

Слово вир мне нравится больше. В книжечке "Структура и случайность" Теренса Тао меня заинтересовала первая глава (Квантовая механика и расхитительница гробниц), там приводится пример игрушечной вселенной в которой Лара Крофт обладает свободной волей и способностью принимать решения, игрок же может только сохранять игру неосредственно перед точками принятия решения, в которых Лара может или погибнуть или избежать ловушки. Каждый Reload достаточно физичен в том смысле, что память о прошлой жизни у очередной копии Лары не сохраняется. В частности там есть вариант, когда количество тел ее погибших копий позволяет текущей копии существенно увеличить вероятность прохождения. Да, здесь для Лары постулирован весьма прагматичный и утилитарный подход к собственной идентичности. Это я считаю "невозможным" допущением, но соглашусь, что мое мнение очень субъективно.

Там получение квантовых вероятностей исходов (гибели или прохождения), не вполне идеально соответствует, так как по гамбургскому счету в квантовой механике будущее играет на результат так же как и прошлое с точки зрения шредингеровской эволюции, в игре же влияет только прошлое. Тем не менее например труп предыдущей версии, блокирующий смертельную ловушку резко изменяет вероятность. IRL это невозможно, потому что бог-из-машины.

Возможность игрушечной Лары, тем не менее, самостоятельно принимающей решения, самоосознать была бы зоной скачка, то есть соотнести трупы своих копий с собой, например. Эта возможность в игру не заложена, а если бы была? В каком-то смысле игра не противоречит естественным законам, так как компьютерная Лара, как и любой живой организм стремится к выживанию и ее мотивация и знание о мире ограничено лабиринтом и сокровищами, но с другой стороны, ограничение на осознание себя, как самостоятельной части игровой реальности несколько натянуто.

С месяц назад поигрался с Java-апплетами, имитирующими поведение одномерной волновой функции в некоторых потенциалах - идея их была в том, чтобы по определенным правилам (не задевая например углов) перелить жидкость-волновую функцию из одной потенциальной ямы в другую. Это, скажу я вам, не так легко сделать. Потому что эта жидкость имеет переменную вязкость, то есть по мере увеличения амплитуды собственной функции координатного оператора, соответствующая амплитуда собственной функции импульса уменьшается и наоборот. То есть где-то нужно двигать быстро, но тогда жидкость намерена рассыпаться на капли, а где-то медленно, но тогда она все время старается "растечься" в обе стороны, т.е. не хочет задержаться на месте. Притом время прохождения игры ограничено 30 секундами, потому что расплывание и декогеренция.
moonwalker72: (Se Joon)
Метризуемо только множество с по меньшей мере нормальной хаусдорфовой топологией. Приятно, когда это понимаешь, потому что это просто.

Profile

moonwalker72: (Default)
moonwalker72

June 2017

S M T W T F S
    123
45678910
1112 1314151617
18192021222324
252627282930 

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Sep. 21st, 2017 10:24 am
Powered by Dreamwidth Studios